Benediktinské opatství Panny Marie a sv. Jeronýma v Emauzích, známé jako Emauzský klášter, nezaložil roku 1346 nikdo jiný než římský císař a český král Karel IV. Již tehdy tento velkorysý stavebník, tou dobou ještě moravský markrabě, zamýšlel zapojit nově vzniklé duchovní centrum do soustavy pěti kostelů na Novém Městě pražském, jež v pražském urbanistickém plánu vytvářejí kříž: severo-jižní rameno tvoří spojnice kostela sv. Kateřiny a kostela Zvěstování Panny Marie Na slupi, západo-východní rameno kostel Panny Marie a svatého Karla Velikého a Emauzský klášter, přičemž ramena se protínají v kostele sv. Apolináře. Původně se klášter nazýval Na Slovanech, protože tu na Karlovo pozvání působili takzvaní hlaholáši – benediktinští mniši původem z Chorvatska, kteří sloužili liturgii nikoli v latině, ale v církevní slovanštině.

Na stavbě gotického trojlodního kostela a kláštera se podílela Karlova dvorská huť a především vynikající malíři. Ambit v přízemí hlavní budovy kláštera byl v šedesátých letech 14. století vyzdoben cyklem 85 nástěnných gotických maleb a dnes patří k nejcennějším částem objektu. Dalším pozoruhodným prostorem je císařská kaple s gotickou křížovou žebrovou klenbou, jejíž stěny zdobí malby na biblické motivy a obrazy světců z období po roce 1880. Refektář vyniká raně barokní klenbou zdobenou štukováním a malbami opatských znaků v kartuších.

Není bez zajímavosti, že husitské války nepřinesly opatství zhoubu – díky dohodě zdejšího kanovníka s husity se tu jako v jediném českém klášteře praktikovalo přijímání podobojí, a to až do roku 1589. Vyplenění jej však neminulo v roce 1611 při vpádu pasovských vojsk – původci překvapivě nebyli vojáci, ale pražská lůza, která využila chaosu ve městě. V roce 1636 do kláštera přišli benediktini z katalánského kláštera Montserrat, za jejichž působení se klášter dočkal rozsáhlé barokizace. Setrvali až do roku 1880, kdy byli vystřídáni mnichy z kongregace sv. Martina, vypovězenými z kláštera v Beuronu pruským kancléřem O. von Bismarckem, kteří stavbě dodali novogotickou podobu v duchu beuronského slohu.

V roce 1942 nacisté mnichy vyhnali a využili objekt jako vojenský lazaret. Spojenecký nálet dne 14. února 1945, který zasáhl Prahu omylem – anglo-američtí letci se domnívali, že shazují bomby na Drážďany – se stal osudným zejména pro budovu kostela a klenby klášterní budovy; poškozeny byly též vzácné fresky. V padesátých letech čekalo klášter zestátnění; tehdejší plány zřídit zde garáže, pro které se kostel zdál být ideálním místem, naštěstí nedošly naplnění. Známé emauzské věže – dvě zkřížené konvexní betonové stěny s pozlacenými hroty – vytvořil v šedesátých letech architekt F. M. Černý v rámci unikátní dostavby spojující architekturu gotickou s moderním tvaroslovím.